وزارت امور خارجه افغانستان پنج‌شنبه ۱۶ ژوئیه با نشر اعلامیه‌ای نوشت، محمد حنیف اتمر سرپرست این وزارت با عباس عراقچی معاون وزارت امور خارجه ایران در مورد حوادث اخیر مرتبط با مهاجرین افغان گفت‌وگو کرد.
در این اعلامیه آمده: «قرار است دو طرف در مورد زمان بندی نهایی سازی موافقت‌نامه تنظیم استخدام و اعزام کارگران افغان به ایران و تجدید قرارداد کمیساران سرحدی در مطابقت به نیازها و همکاری سرحدی هر دوجانب در شرایط امروزی، که مسوده‌های آن در سفر هیئت افغانستان به تهران به جانب ایران سپرده شده بود تفاهم نموده، پی‌گیری و اتخاذ تدابیر به هدف جلوگیری از تكرار حوادث ناگوار و تردد غیرقانونی در سرحد میان دو کشور و همچنان قانونمند سازی حضور شهروندان افغان مقیم ایران بحث و گفت‌وگو نمایند».
عباس عراقچی معاون وزارت امور خارجه ایران با هیأتی همرایش بعد از ظهر چهارشنبه ۱۵ ژوئیه وارد کابل پایتخت افغانستان شد.
قابل ذکر است این هیأتی ایرانی در شرایطی به کابل سفر کرده که دونیم ماه پیش حادثه غرق شدن مهاجرین افغان در مرز ایران رخ داد که به گفتۀ شماری از مهاجرین افغان نجات یافته از این حادثه، مرزبانان ایرانی آنها را پس از شکنجه به رودخانه هریرود انداختند، اما مقام‌های ایرانی همواره این ادعا را رد کرده و گفته‌اند که مرزبانان ایرانی هیچ دخالتی در این رویداد نداشته‌اند.
پس از گذشت یک ماه از حادثه غرق شدن مهاجرین افغان، یک موتر(خودرو) حامل مهاجرین افغان در شهر یزد ایران آتش گرفت که در این حادثه سه نفر بر اثر جراحات و سوختگی جان باختند. برخی از مهاجرین افغان که از این حادثه نجات یافتند گفتند که موتر آنها بر اثر «تیراندازی نیروهای انتظامی ایران» آتش گرفت.
در همین حال، سفارت افغانستان در تهران اعلام کرد که مقام‌های ایرانی مسئولیت تیراندازی به موتر حامل مهاجرین افغان در شهر یزد را پذیرفتند.
این دو حادثه مرتبط به مهاجرین افغان در ایران باعث تظاهرات گسترده در بیشتر از شهرهای افغانستان و شماری از شهرهای اروپا و آمریکا شد، معترضان افغان عکس‌های خامنه‌ای، حسن روحانی و پرچم رژیم ایران را به آتش کشیدند و خواهان اجرای عدالت برای خانواده قربانیان شدند.
پس از آن هیأت افغانستان روز یک‌شنبه ۲۱ ژوئن ۲۰۲۰ به ریاست محمد حنیف اتمر سرپرست وزارت امور خارجه این کشور در سفری دو روزه وارد تهران شد و با مقام‌های ارشد ایرانی از جمله محمدجواد ظریف وزیر امور خارجه ایران در مورد مسایل مختلف دو کشور از جمله «حوادث ناگوار اخیر» علیه مهاجرین افغان مذاکره کرد.
وزارت امور خارجه افغانستان روز دوشنبه ۲۲ ژوئن ۲۰۲۰ اعلام کرد، که هیأت نمایندگی این کشور در سفر دو روزۀ خود به تهران با مقام‌های ایرانی در مورد مسایل مختلف گفت‌وگو کرد و در زمینۀ مصونیت اتباع افغان و پی‌گیری جدی حوادث اخیر که منجر به جان‌باختن شماری از شهروندان افغان در ایران شد و راه‌های جلوگیری از تکرار این حوادث، به توافقاتی دست یافتند.